Este metabólito mostrou inibir ribonucleotídeo redutase, DNA
polimerase alfa/delta e épsilon, DNA primase e DNA liga-se, inibindo assim a síntese de DNA. Além disso, ocorre inibição parcial da
RNA polimerase II e conseqüente redução na síntese de proteína. Embora o mecanismo de ação de 2-fluoro-ara-ATP não esteja completamente esclarecido, assume-se que efeitos na síntese de DNA,
RNA e proteína contribuem para a inibição do crescimento celular, sendo a inibição da síntese de DNA o fator dominante.
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