O abacavir possui um baixo potencial para interações medicamentosas, considerando os resultados dos estudos  in vitro  e suas principais vias metabólicas. O abacavir não demonstrou potencial para inibir o metabolismo¹ mediado pela enzima² 3A4 do citocromo P450. O abacavir também demonstrou não interagir com as drogas metabolizadas pelas enzimas CYP3A4, CYP2C9 ou CYP2D6, nos estudos  in vitro .Não foi observada a ocorrência de indução do metabolismo¹ hepático, nos estudos clínicos. Portanto, o potencial para interações medicamentosas com anti-retrovirais inibidores da protease³ e outras substâncias metabolizadas pelas principais enzimas do sistema P450 é baixo. Os estudos clínicos demonstram que não há interações clinicamente significativas entre o abacavir, a zidovudina e a lamivudina.
O metabolismo¹ do abacavir é alterado pelo uso concomitante de álcool, resultando em um aumento de aproximadamente 41% na AUC⁴ do abacavir. Em função do perfil de segurança do abacavir, estes dados não são considerados clinicamente significativos. O abacavir não afeta o metabolismo¹ do álcool.