O cloridrato de fluoxetina é contra-indicado em pacientes hipersensíveis a essa droga. Tem havido relatórios de reações graves e algumas vezes fatais (tais como hipertermia, rigidez, mioclonia¹, instabilidade autonômica com possíveis flutuações rápidas dos sinais vitais² e variações no estado mental, incluindo agitação extrema progredindo ao delírio³ e coma⁴) em pacientes que estão recebendo Cloridrato de Fluoxetina em combinação com inibidor da MAO⁵ ou interromperam recentemente com o Cloridrato de Fluoxetina e iniciaram o tratamento com um inibidor da MAO⁵. Alguns casos, apresentam aspectos semelhantes à síndrome⁶ malígna, por neurolépticos⁷. Portanto, Cloridrato de Fluoxetina não deve ser usado em combinação com um inibidor da MAO⁵ ou dentro de 14 dias da suspensão do tratamento com um inibidor da MAO⁵. Desde que o Cloridrato de Fluoxetina e seu maior metabólito⁸ tem meias vidas de eliminação muito longas, deve-se deixar um intervalo de pelo menos cinco semanas após a suspensão do Cloridrato de Fluoxetina e o início do tratamento com um inibidor da MAO⁵.