Gerais: O uso de antibióticos pode ocasionalmente resultar em desenvolvimento de microrganismos não suscetíveis. É essencial, portanto, a constante observação do paciente. Caso apareçam microrganismos resistentes, o antibiótico deve ser descontinuado e terapêutica¹ adequada instituída.
Ao se tratar pacientes portadores de doenças venéreas com suspeita de sífilis², é essencial a confirmação diagnóstica, incluindo microscopia em campo escuro. Nestes casos testes sorológicos devem ser realizados mensalmente, durante pelo menos quatro meses.
Em tratamentos prolongados, uma avaliação laboratorial periódica dos sistemas orgânicos incluindo hematopoiético, renal³ e hepático deverá ser realizada.
Infecções⁴ devido a estreptococos  beta-hemolíticos, do grupo A deverão ser tratadas por no mínimo dez dias.
O uso de drogas da classe das tetraciclinas durante a desenvolvimento da dentição⁵ (segunda metade da gravidez⁶, primeira infância e crianças até os 8 anos de idade) pode causar coloração permanente dos dentes (amarelo, cinza e pardo). Esta reação adversa é mais comum durante tratamentos prolongados, mas tem sido observada em tratamentos repetidos a curto prazo. Hipoplasia⁷ do esmalte⁸ dental também foi relatado. Portanto, Doxiciclina deve ser usada nestes grupos de pacientes quando outras drogas não estiverem disponíveis ou mostrarem-se ineficazes e contra-indicadas.
Fotossensibilidade, manifestada por reações exageradas de queimaduras por exposição à luz solar, tem sido observada em alguns indivíduos em tratamento com tetraciclinas. Pacientes sujeitos a exposição à luz solar direta ou à luz ultravioleta devem ser alertados de que esta reação pode ocorrer com as tetraciclinas, sendo que o tratamento deve ser descontinuado à primeira evidência de eritema⁹ cutâneo¹⁰.
A ação antianabólica das tetraciclinas pode causar um aumento do nitrogênio uréico sangüíneo. Estudos realizados até o momento indicam que isto não ocorre com o uso da Doxiciclina em pacientes com insuficiência renal¹¹.
Gravidez⁶: Doxiciclina ainda não tem sido estudada em pacientes grávidas. Assim, não deve ser usada em gestantes a menos que, na avaliação do médico, seja essencial para o bem estar da paciente. Resultados em estudos animais indicam que as tetraciclinas, atravessam a placenta, são encontradas nos tecidos fetais e podem ter efeitos tóxicos no desenvolvimento do feto¹² (geralmente relacionados ao retardo no desenvolvimento esquelético). Evidências de embriotoxicidade também foram  observadas em animais tratados no período inicial da gestação.
                               Amamentação¹³: As tetraciclinas são encontradas no leite de lactantes¹⁴ que estejam, neste período, fazendo uso de antibióticos pertencentes a este grupo. Portanto, o uso de tetraciclinas deve ser evitado em lactantes¹⁴.
Pediatria: Como ocorre com outras tetraciclinas, Doxiciclina forma um complexo cálcico estável em qualquer tecido ósseo¹⁵ em formação. Foi observada uma redução no índice de crescimento da fíbula¹⁶ em prematuros, aos quais foram administradas doses orais de 25 mg/Kg de tetraciclina a cada seis horas. Esta reação mostrou ser reversível com a descontinuação da droga.