Hipersensibilidade à clomipramina ou sensibilidade cruzada a antidepressivos tricíclicos do grupo dos dibenzazepínicos. A clomipramina não pode ser administrada em associação, 14 dias antes ou 14 dias após tratamento com um inibidor da MAO¹ (ver Interações medicamentosas). O tratamento concomitante com inibidores reversíveis seletivos da MAO¹-A, como a moclobemida, está também contra-indicado. O uso de clomipramina em pacientes que sofreram infarto do miocárdio² recente também é contra-indicado.