A fluoxetina é contra-indicada em pacientes com hipersensibilidade conhecida a essa droga.O cloridrato de fluoxetina não deve ser usado em combinação com um inibidor da MAO¹ ou dentro de 14 dias da suspensão do tratamento com um inibidor da MAO¹. Deve-se deixar um intervalo de pelo menos cinco semanas (ou talvez mais, especialmente se a fluoxetina foi prescrita para tratamento crônico² e/ou em altas doses) após a suspensão do cloridrato de fluoxetina e o início do tratamento com um inibidor da MAO¹. Casos graves e fatais de síndrome³ serotonérgica (que pode se assemelhar e ser diagnosticada como síndrome³ neuroléptica maligna) foram relatados em pacientes tratados com fluoxetina e um inibidor da MAO¹ com curto intervalo entre uma terapia e outra.
A tioridazina não deve ser administrada em combinação com cloridrato de fluoxetina ou deve-se aguardar no mínimo cinco semanas após o término do tratamento com cloridrato de fluoxetina para se administrar a tioridazina (ver interações medicamentosas).