O flucazol é geralmente bem tolerado. As reações adversas mais comumente encontradas tem sido náusea¹, dor abdominal, diarréia², flatulência e erupção³ cutânea⁴. Foram observadas alterações nos resultados dos testes das funções hematológicas, renal⁵ e anormalidades hepáticas⁶ durante o tratamento com fluconazol e agentes comparativos, em alguns pacientes com enfermidades graves, como AIDS e câncer⁷. Entretanto, o significado clínico e a relação ao tratamento são incertos. Pacientes aidéticos são mais predispostos a desenvolver reações cutâneas⁸ graves a diversas drogas. Um pequeno número de pacientes com AIDS desenvolveu tais reações ao receber fluconazol concomitante com outros agentes conhecidos por sua relação com esfoliação cutânea⁴ grave. Caso ocorra erupção³ cutânea⁴, em pacientes com infecções⁹ fúngicas¹⁰ superficiais ou sistêmicas/invasivas, que seja atribuível ao fluconazol, a terapia com o mesmo deve ser descontinuada e o paciente cuidadosamente monitorizado.Raramente foi observada anafilaxia¹¹.